La repoblación castellana que se produce después de la conquista de la provincia por los cristianos, permite identificar tres zonas: la comarca de Vélez y su distrito, la zona o comarca de Málaga y la Serranía de Ronda. En la primera destacaba la ciudad de Vélez-Málaga como centro económico y administrativo del territorio. Su arrabal estaba muy poblado, incluyendo vecinos judíos. En esta zona había junto a los núcleos agrícolas y de pescadores otros de carácter militar como los de Bentomiz (Arenas), Frigiliana y Zalía (Alcaucín). En la zona de Málaga, a la que correspondían los distritos llamados la Ajarquía (zona de levante) y la Garbía (zona occidental), llegaba desde Chilches hasta Fuengirola y desde Casarabonela hasta Comares. La Serranía de Ronda era el granero de Málaga y se distribuía en cuatro distritos: Ronda, El Havaral, Gaucín y Casares.

En general el proceso de repoblación fue arduo y difícil. Hubo frecuentes disputas entre cristianos , levantamientos mudéjares y regreso a sus tierras de bastantes colonizadores que no se aclimataron. Todo ello, especialmente la expulsión de los mudéjares o moriscos a comienzos del siglo XVII, hizo que el territorio malagueño sufriera las consecuencias de despoblamientos masivos: abandono de extensas zonas agrícolas, entrega del comercio a extranjeros y arraigo del odio racial. A todo esto se unieron diversas catástrofes naturales (desbordamientos del Guadalmedina, epidemias, malas cosechas) que agravaron aún más la pérdida de población.

Con los gobernantes ilustrados del siglo XVIII se apreció cierta recuperación. Se amplió el puerto de Málaga, se favoreció el cultivo de la vid, se creó una amplia protección para la pesca y se reactivó la exportación de seda. Por último, en 1.785 se creó en Málaga un Consulado de Mar que favoreció el gran auge de las exportaciones.